Yo las guardo en cajas también previo enroscamiento de plástico de burbujas y a ser posible, bolsa antiestática. Suelo rebuscar en los contenedores cercanos a tiendas de ropa (una vez encontré una de Zara perfecta para la placa de Dodonpachi

) y hace poco encontré unas cajas de cartucho que se usan en impresoras 3D industriales que también me iban perfectas. Como dice Neorude, hay mil tamaños así que es imposible hacerse con una caja que te sirva para todas las placas. En Ikea estuve mirando y tampoco encontré nada que me sirviera. Es tener suerte y estar siempre atento!
Aunque lo mejor sin duda alguna es contar con las cajas originales en las que se vendían las placas aunque te puede a llegar a costar una pasta. Las de Cave van por unos 50 euros si mal no recuerdo.
Una cosa que comentó Logan en la última shmupmeet y que me parece interesante es guardar las placas boca abajo. Así si hay una pila desgastada que suelta ácido o condensadores que han petado, no se cae nada en la placa.
Por cierto, he movido el hilo a off topic.